Kubo žije poklidný život v malé vesničce, ale jen do doby, než se vydá na odvážnou výpravu za nalezením magického brnění svého otce, bájného samuraje. Jedině to může zachránit svět před invazí zlých duchů a sil.
Zatímco Colton dohlíží na své každodenní pochůzky a povinnosti při sezení, objeví starý prázdný dům na druhé straně ulice, vykazuje známky života, když se otec a dcera nastěhují dovnitř. Zvědavost dostane za své, když slídí po domě narazí na samotářku Heather, Dcera okamžitě zazáří, ale když je svědkem...
